早稻田大学文学部修士毕业生可以申请东京大学博士学位。

然而，申请博士学位需要满足一定的条件，如研究方向、研究成果、导师同意等。因此，建议在早稻田大学就读期间积极参与科研活动，并与导师保持密切联系，以增加申请成功的机会。